Bioinformatika

Upoznavanje sa protokom bioinformacija u prirodi i primenom računarskih nauka i
informacione tehnologije u rasvetljavanju tih mehanizama. Klasifikacija, organizacija,
predikcija i vizuelizacija bioloških podataka upotrebom bioinformatičkih tehnika

Sposobnost korišćenja baza podataka i bioinformatičkih alata u analizi i interpretaciji
bioloških podataka

Teorijska nastava

Uvod u bioinformatiku. Informativnost biomolekula i transfer genetičke informacije.
Primarna, sekundarna, tercijarna i kvaternarna struktura nukleinskih kiselina (DNK i RNK).
Genetički kod. Strukturna organizacija humanog genoma – genske i ekstragenske sekvence. Strukturna
organizacija eukariotskih gena – definicija gena, egzona i introna. Primarna, sekundarna,
tercijarna i kvaternarna struktura proteina. Sekvenciranje genoma, transkriptoma i proteoma.
Baze bioloških podataka – pojam i klasifikacije (primarne i sekundarne baze, opšte i
specijalizovane). Meta-baze (Entrez). Baze DNK sekvenci (GenBank, EMBL-EBI, DDBJ). Baze RNK
sekvenci (Rfam, miRBase). Baze sekvenci proteina (PDB, SCOP). Baze proteinskih modela (PMP,
ModBase, SWISS-MODEL, InterPRO) i protein-protein interakcija (Bio-GRID). Sekundarne baze
bioloških podataka (RefSeq, HapMap,OMIM). Baze genoma (Ensembl). Tehnologija čipa (microarray)
i baze podataka genske ekspresije (GEO, ArrayExpress, TCGA, caBIG) i proteinske produkcije (HPA).
Ostale specijalizovane baze bioloških podataka (baze SNPs (dbSNP), citogenomičke baze,
fenotipske baze (PHI-Base), baze model-organizama, taksonomske baze, radiološke baze). Baze
literature (KOBSON, PubMed). Primena bioinformatike u biotehnologiji, medicini i
farmakogenomici.

Praktična nastava

Baze podataka NCBI. Pretraga GenBank. Upotreba BLAST i FASTA softvera za analizu DNK
sekvenci. Softveri za restrikciono mapiranje u biotehnologiji. Primena Primer-BLAST u
dizajniranju prajmera za PCR. Tehnike sekvenciranja i analize humanog genoma. Pretrage baza
literature (KOBSON, PubMed).